mierć Jana I w roku 1439 daje początek straszliwej wojnie domowej, rozpętanej przez jego synów, niezadowolonych z podziału ojcowizny. Najbardziej aktywną stroną w tym konflikcie jest najmłodszy z braci - Jan III - który rozpoczął walkę z dwoma braćmi - Baltazarem i Rudolfem - o prymat władzy w księstwie żagańskim. Trwające do roku 1472 walki doprowadziły Nowogród do ruiny gospodarczej. Obfite żniwo zbierała kolejna epidemia czarnej ospy.
     Stosunkowo szybko docierają do Nowogrodu wittenberskie wydarzenia roku 1517. Nauki Marcina Lutra zdobywają tutaj dużą popularność. Rada miejska już na początku lat 30. XVI wieku jest zdominowana przez zwolenników Lutra. W 1540 rada opowiada się za przyjęciem protestantyzmu.
     Następuje ożywienie życia gospodarczego w mieście. Przeżucenie drewnianego mostu przez nurt Bobru w roku 1555, łączący Nowogród z osadą Nowa Wieś (zalążek późniejszych Krzystkowic), otwiera duże możliwości bezpośredniego handlu z Łużycami i dalej Saksonią i Brandenburgią. Aktywizują się tradycyjne cechy nowogrodzkie - szewców, kaletników, płócienników. Kolejni właściciele miasta - żarscy Promnitzowie - nie skąpią nadań i praw.
      W roku 1618 wybucha jedna z najkrwawszych wojen w dziejach cywilizacji europejskiej - wojna trzydziestoletnia. Katolickie południe walczy z protestancką północą. Nieustanne przemarsze wojsk walczących stron doprowadziły miasto i okolice do gospodarczej ruiny. W roku zakończenia wojny - 1648 - spośród 167 istniejących w obrębie murów miejskich domów tylko 85 było zamieszkanych; ludność zdziesiątkowana, cechy zrójnowane, most na rzece spalony. Bardzo powoli miasto dochodziło do równowagi.